В 2013 году в соответствии с Указом Президента Российской Федерации В.В. Путина Правительством РФ был разработан и утвержден план мероприятий по развитию российских университетов и повышению их конкурентоспособности среди ведущих мировых научно-образовательных центров (Проект 5-100).
Университет ИТМО в числе 50 российских вузов принял участие в открытом конкурсе на право получения государственной поддержки, по итогам которого было отобрано 15 победителей, получивших возможность реализовывать программы повышения своей международной конкурентоспособности (программы «5-100»). В 2015 году по итогам второго конкурса к реализации Проекта 5-100 присоединилось еще 6 вузов.
В 2016 г. Международный совет 5-100 поддержал создание в Университете ИТМО системы стратегических академических единиц (САЕ).
